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中國已成功構建綜合植物miRNA數(shù)據(jù)庫

來源：中國食品報網(wǎng) ? 2019-10-17 15:03:50

北京市農(nóng)林科學院楊效曾研究員課題組與北京大學生命科學院合作，近日通過對88種覆蓋了從低等水生植物到高等被子植物中小分子RNA數(shù)據(jù)的深度挖掘，對這些植物中的miRNA進行系統(tǒng)鑒定、注釋和分析，構建了迄今為止世界上最為綜合全面的植物miRNA數(shù)據(jù)庫——PmiREN。該研究成果于近日被《核酸研究》期刊接收，北京大學博士研究生郭仲龍、匡正、博士后王穎和北京市農(nóng)林科學院助理研究員趙永欣為共同第一作者，北京大學李磊教授和北京市農(nóng)林科學院研究員楊效曾為共同通訊作者。

miRNA是真核生物中廣泛存在的一類非編碼RNA，成熟的miRNA是僅有20—22個堿基的單鏈小分子RNA，跟蛋白質等大分子相比，分子量很小，是個“小個子”。從2002年第一批植物中的miRNA被發(fā)現(xiàn)以來，miRNA陸續(xù)被發(fā)現(xiàn)參與了植物中很多重要的功能，如生長、發(fā)育和對外界環(huán)境的刺激響應等。“目前植物學界普遍認為miRNA參與了幾乎所有的植物生命過程，無處不在，是個‘大角色’。”楊效曾介紹。

植物miRNA綜合數(shù)據(jù)庫——PmiREN有幾大突出特點：一是擁有完整的miRNA信息，涵蓋了從水生植物到被子植物共88個物種;二是首次發(fā)現(xiàn)了大量作物中特異的miRNA，新構建的數(shù)據(jù)庫中第一次發(fā)現(xiàn)的miRNA達16000個，不少主要作物如玉米、水稻、小麥等是第一次發(fā)現(xiàn)的。這些小RNA潛在與重要的農(nóng)藝性狀相關，挖掘這些小RNA的功能，對改良作物農(nóng)藝性狀將具有重要的應用價值;三是通過綜合的數(shù)據(jù)挖掘，獲得了大量miRNA相關的信息，包括miRNA基因簇信息、表達信息、共線性分析結果、靶基因預測結果等，并進行了全面、詳實、直觀的信息呈現(xiàn);四是提供了多種數(shù)據(jù)庫檢索和搜索的方式，同時用戶可以方便地下載數(shù)據(jù)庫中所有的數(shù)據(jù)。

PmiREN數(shù)據(jù)庫上線后，得到了國內(nèi)外該研究領域的廣泛關注。短短3個月，就接收了全球范圍內(nèi)超過20個國家150多個地區(qū)的訪問。訪問量超過56000次。楊效曾表示，該數(shù)據(jù)庫的出現(xiàn)為系統(tǒng)研究植物miRNA的進化和尋找新miRNA的功能奠定了堅實的基礎。

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